Op aandringen van allerlei instanties werd in 1939 besloten om de gebrandschilderde glazen uit de kerk te verwijderen in verband met het dreigende oorlogsgevaar. De kosten van deze operatie, 9000 gulden, werden betaald door het Rijk. Tussen september en december 1939 werden alle glazen uitgenomen en vervangen door dubbeldik vensterglas. Ze werden in 201 speciaal daarvoor gemaakte kisten gepakt en ondergebracht in kelders van boerderijen rond Gouda. Toen in 1943 de oorlog dichterbij kwam verhuisden de kisten naar bomvrije rijkskelders in de duinen bij Vogelenzang (Noord-Holland). Daar bleven ze totdat Nederland weer bevrijd was. In januari 1947 waren alle glazen herplaatst en had de kerk zijn kleurenpracht weer terug. Over deze geschiedenis is in de kerk een kleine expositie ingericht en in de winkel is eveneens een boekje verkrijgbaar waarin over deze periode wordt verteld.