Het hoofdorgel  ("Moreau")    

In 1732 besloot het toenmalige kerkbestuur van de Goudse Sint-Janskerk tot vervanging van het in zeer slechte staat verkerende orgel van Hendrik Niehoff. De keuze viel op de uit Vlaanderen afkomstige en in Rotterdam woonachtige orgelbouwer Jacob Fran‡ois Moreau, die voor het destijds uitzonderlijk hoge bedrag van 47.642 guldens, 19 stuivers en 8 penningen, een orgel bouwde met 52 registers, verdeeld over 3 klavieren en pedaal.
Op 13 mei 1736 werd het nieuwe instrument in gebruik genomen.
Sindsdien hebben vele orgelbouwers aan het Moreau-orgel gewerkt, zoals o.a. Hermanuss Hess (broer van de toenmalige organist en beiaardier van de St.-Jan, Joachim Hess), F.G. Heyneman, J. Mittenreiter, N.A. Lohman (aan wie de huidige fraaie speeltafel is te danken), C.G.F. en J.F. Witte (van wie de huidige tongwerken zijn) en Fa. J. de Koff (die het Bovenwerk in een zwelkast plaatste).
In de periode 1959-1960 werd het orgel door de Fa. D.A. Flentrop en van 1976-1981 door Orgelbouw Ernst Leeflang gerestaureerd.
Momenteel is het orgel in onderhoud bij Orgelmakerij Gebr. Reil B.V., die in 2004 alle tongwerken een grondige onderhoudsbeurt heeft gegeven.
Ondanks het feit dat vele orgelbouwers hun sporen in het Moreau-orgel hebben achtergelaten, heeft dit fraaie instrument zijn elegante, barokke, enigszins zuidelijke karakter behouden.
Ook de ingrepen die in de 19e en 20e eeuw hebben plaatsgevonden, hebben het karakter niet wezenlijk aangetast maar eerder verrijkt, zodat ook nu een groot gedeelte van de romantische en hedendaagse orgelmuziek goed realiseerbaar is.

Voor CD's van het Moreau-orgel zie " Winkel / CD's ".

Het koororgel

Sinds 1963 ontbrak in het koor een orgel, waarop door de Stichting Gouds Orgelcomité het initiatief is genomen om gelden bijeen te brengen om een nieuw orgel te laten plaatsen in het koor van de kerk, mede met het oog op de langdurige restauratie van het Moreau-orgel. In 1974 kreeg Orgelbouw Ernst Leeflang BV te Apeldoorn de opdracht tot bouw van het orgel. Adviseur was Arie J. Keijzer, toenmalig organist van concertgebouw "De Doelen" te Rotterdam.

Op zaterdag 21 juli 1975 werd het koororgel feestelijk in gebruik genomen. Tijdens de grote restauratie van de kerk en het Moreau-orgel vonden de erediensten in het koor plaats. Het koororgel bleek goed in staat de gemeentezang te begeleiden. Daarnaast werden de orgelconcerten in de zomercyclus op het koororgel gehouden. 
De kas van het orgel is enigszins aangepast aan de laatgotische ruimte van het koor. Het verfijnde en vergulde houtsnijwerk is van de beeldhouwer J. van der Vliet te Gouda.
Het orgel staat met de achterzijde naar de kooromloop. De volgende tekst is dan zichtbaar:
"Wij timmeren aan de weg, wat zullen we ons nog wensen. De zegen komt van God, de gunst van goede mensen."

Wilt u de muziek beluisteren klik dan op onderstaande titels.